PDB (Protein Data Bank) 以及 PyMOL的使用

在RCSB PDB (Protein Data Bank)可搜尋到已發表的蛋白質3D結構資料庫，而且每個protein都有個代碼，利於在之後的PyMOL中直接叫出檔案。

1. 之後實驗室要做關於Clostridium difficile Lrp ( leucine-responsive regulatory protein ) 的實驗，由於先前並沒有被研究過的資料，因此想先看 Lrp 在 E.coli 所扮演的角色及其結構，以對此蛋白進行初步了解。
   
   直接在搜尋的地方打上 E. coli Leucine-responsive regulatory protein(代碼:2GQQ)。
   
   
2. 右側的3D模型圖可點開，此處提到此蛋白的著色是隨著彩虹顏色的漸層表示N-terminal到 C-terminal。
   
   
3. 也可以點選"3D View"可利用Java軟體看到更多面相 (拉遠、拉近、旋轉 )蛋白質結構。
   
   
4. 開啟 PyMOL，點選 Plugin>PDB loader service，輸入"2GQQ"，即可叫出E.coli的Lrp蛋白結構圖。
   
   
   
   
5. 在 H (Hidden) 的地方點選"lines"，S (Show) 選"Cartoon"，呈現卡通的3D結構圖。
   
   
6. 可在 Display選 background > white，讓背景呈現白色。
   
   
7. 在右上方選擇"Ray"使結構看起來更鮮明、圓滑，在Display選"sequence"可顯示蛋白質的胺基酸序列。
   
   
8. 在 PyMOL >輸入"color red, chain A"，可幫蛋白質著色，將蛋白質一不同的chain (A,B,C,D) 著上不同的顏色。
   
   
   
   
   
9. 在PyMOL> 輸入"creat chain A, chain A"，即可在物件中選擇不同的顯示方式。
   例如：讓 chain A show > as  "sphere"。(其他還有sticks, ribbons, lines)
   
   
   
   
10. 在 2GQQ 的Action(A)選擇 generate> vacuum electrostatic> protein contact potential (local)，即可顯示蛋白區域的帶電性，偏紅色帶負電；藍色則帶正電。
    
    
    
    
11. 製作Lrp 3D結構的動畫，在PyMOL依序輸入：mset 1x120 > util.mroll 1,120,1 > set ray_trace_frames=1 > mpng mov。
    程式會開始進行旋轉拍照，共120張照片，再用windows live movie maker匯入照片，去做出每秒停留0.05秒的影片。