Small molecular interaction_ VMD (分子動態模擬軟體)

本課堂用簡單的應用做為範例：模擬蛋白質與水分子的交互作用。

1. 先上PDB網站 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 尋找一個有興趣的protein，並記下其結構代碼。
   本次以E. coli 的CsrA蛋白(代碼1Y00)為例，因為Clostridium difficile 的CsrA蛋白還沒被發表。
   
   
2. 開啟VMD程式，由於VMD可自動從網路上抓檔案，因此只需打上查好的蛋白代碼1Y00，即可叫出檔案，接著視窗會顯示出此蛋白的3D模擬圖。
   
   
   
3. 先建立一個此分子的 psf 檔。Extensions > Modelling > Automatic PSF Builder，Load input files>  Guess and split chains using current selections> Create chains> Apply patches and finish PSF/PDB，或是直接按右下角 I'm feeling lucky也可做出 psf 檔 。
   
   
4. 建立water box。步驟如下：Extensions > Modelling > Add Solvation Box，勾選 Rotate to minimize volume，在 Box size 都輸入15A，按 Solvate。
   
   圖示：加上water box前
   
   
   
   圖示：加上 water box 後，protein周圍多了一些紅白組成的水分子，也增加了一個 solvate.psf 的檔案。
   
   
   
5. 也可以Neutralize protein，步驟：Extensions > Modelling > add Ions，按Autoionize。