Microarray分析軟體 Multiple experiment viewer (MeV_4_8_1)

1. 開啟microarray軟體MeV_4_8_1，打開老師給的範例data，步驟：File > Select file loader > Other fomat files > GenePix format files > Browse > 選擇資料夾 > Add all > load
   
   
   
   
2. 先 Normalization，讓基準點相同再做比較，就像是賽馬時先讓馬兒的體重相當。步驟：Adjust Data > Normalization  > Total intensity。
   
   
   
3. 比較data之間的相似程度，步驟：Clustering > Hierarchical Clustering > Pearson correlation，由此可找出有興趣的gene看相似度，但沒有分群。
   
   
   
   
   
4. 若要有分群，步驟：Clustering > k-Means/ Medians Clustering，自己設定要分成幾群，此次就設定分10群。
   
   
   
   
   
5. 也可以由電腦決定要分成幾群，用密度法的方式，離中心(mean)最近的去分組。步驟：Clustering > CAST (Cluster Affinity Search Technique)，此例電腦分成17組Cluster。
   
   
   
6. 查看哪些基因的表現之間最像，步驟：Analysis > Visualization > Gene Distance Matrix (GDM)，圖示由黑到紅色漸層，越黑代表越相似。
   
   
   
   
   
7. 可以按想看的gene，會跳出視窗顯示哪個gene與其最相似。例如：點下圖白色框的位置(B1, CTGF)，再按"Expression graph"可以以折線圖方式表現。
   
   
   
   
   
   
   
   
8. KMC和CAST的比較，除了直接看Images外，還有"Centroid Graphs"、"Expression Graphs"、"Table views"的顯示方式。