2014年12月21日 星期日

miRNA 的 predict



  1. 進入 miRTarBase 網站http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/,這是ㄧ個microRNA的資料庫,可搜尋欲分析的miRNA,例:hsa-miR-18a-5p。
  2. 一個miRNA可能作用多個Target。

  3. 相對的,也可從Target去找miRNA,開啟 RNA22 v2 網站https://cm.jefferson.edu/rna22v2/ 選擇view pre-computed static RNA22 v2 predictions。

  4. 選擇HOMO SAPIENS>輸入Gene Name,例:CSRNP3(剛才在miRTarBase 找到的 hsa-miR-18a-5p 的 Target之一) > Submit



  5. 選擇 View Predictions as cDNA map ,在下拉式選單中找到 hsa-miR-18a-5p


  6. RNAfold web sever 此網站 http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi可用來預測microRNA可能的structure。


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