Phylogenetic Tree 繪製物種親緣關係樹 (搜尋與儲存序列)

進入NCBI BLAST 網站，可在資料庫中搜尋到和目標基因相似的序列，在此以Clostridium difficile  R20291 的(carbon storage regulator A) CsrA基因為例。

1. NCBI BLAST 網站，點選下方的 nucleotide blast。
   
   
2. 貼上Clostridium difficile 的(carbon storage regulator A) CsrA基因序列，並且在 " Program selection"選擇 More dissimilar sequences (discontiguous megablast)可搜尋到較多的序列，選擇"Show results in a new window"、"BLAST"。
   
   
3. 幾分鐘後BLAST的結果出爐，系統會列出一個清單，上面顯示相似的基因序列以及其物種，依相似性由高到低排列。
   
   
4. 勾選感興趣的 (例:7個) 相似CsrA序列的菌株，按Download, FASTA (aligned sequences)，下載後用BioEdit程式開啟檔案。
   (!!!序列名稱盡可能簡短，避免後續建立親緣關係樹時造成程式誤會)
   
   點選Accessory Application > ClustalW Multiple Alignment > RunClustalW> 完成alignment 。
   
   
5. 儲存檔案：File > Save as > phylip-3.69資料夾 > exe資料夾 > 檔名改Infile.phy (Phylip 4 格式)