- 進入NCBI查詢想要的基因序列,例如:Clostridium difficile R20291
這隻細菌的sortase B之基因。 - 頁面往下拉,找到 "Genomic Sequence",點選 "GenBank"
- 出現關於這個基因的許多介紹,像是 gene ID、origin 原始的序列。
- 點選左上 "Send" ,選 "File" 和 "Create File",下載檔案到電腦中。
- 開啟 CLC Sequence Viewer 軟體。
- 將先前下載的檔案匯入。
- 下方有許多種顯示的方式(紅框),像是把基因顯示為環型。
- 也可以利用左下方的 "Toolbox" 選單,像是可把DNA轉換為RNA、DNA轉換成 protein。
2014年10月15日 星期三
NCBI 和 CLC Sequence Viewer
2014年10月13日 星期一
DisGeNET 基因與疾病資料庫應用
- 首先,進入 DisGeNET的網站首頁,點選"Search"。
- 搜尋基因與疾病的關係,本次以"NOD2"這個基因為例子,
尋找有關這個基因的疾病。 - 接著下方會出現"NOD2"的介紹,也會出現一些連結,
像是"Top 10 disease associations for this gene"。 - 點開"Top 10 disease associations for this gene"會出現疾病相關性排名,
它會依最相關的疾病做排列,例:Synovitis granulomatous with uveitis and cranial neuropathies 。 - 按左下角的"Browse details"可查詢更多與這個基因相關的疾病。
- 可點選感興趣的疾病,連結到疾病的介紹。
- 相反的,也可以輸入疾病,找尋最相關的基因,
此功能可回推前面所找到的疾病,是否與這個基因有一致的相關性。
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