2014年10月15日 星期三

NCBI 和 CLC Sequence Viewer

  1. 進入NCBI查詢想要的基因序列,例如:Clostridium difficile R20291
    這隻細菌的sortase B之基因。

  2. 頁面往下拉,找到 "Genomic Sequence",點選 "GenBank"

  3. 出現關於這個基因的許多介紹,像是 gene ID、origin 原始的序列。




  4. 點選左上 "Send" ,選 "File" 和 "Create File",下載檔案到電腦中。

  5. 開啟 CLC Sequence Viewer 軟體。

  6. 將先前下載的檔案匯入

  7. 下方有許多種顯示的方式(紅框),像是把基因顯示為環型。



  8. 也可以利用左下方的 "Toolbox" 選單,像是可把DNA轉換為RNA、DNA轉換成 protein。



2014年10月13日 星期一

DisGeNET 基因與疾病資料庫應用







  1. 首先,進入 DisGeNET的網站首頁,點選"Search"。


  2. 搜尋基因與疾病的關係,本次以"NOD2"這個基因為例子,
    尋找有關這個基因的疾病。


  3. 接著下方會出現"NOD2"的介紹,也會出現一些連結,
    像是"Top 10 disease associations for this gene"。


  4. 點開"Top 10 disease associations for this gene"會出現疾病相關性排名,
    它會依最相關的疾病做排列,例:Synovitis granulomatous with uveitis and cranial neuropathies 


  5. 按左下角的"Browse details"可查詢更多與這個基因相關的疾病。


  6. 可點選感興趣的疾病,連結到疾病的介紹。


  7. 相反的,也可以輸入疾病,找尋最相關的基因,
    此功能可回推前面所找到的疾病,是否與這個基因有一致的相關性。